在 EvernoteSync.php 里修改 formatArticle 函数

//添加<en-todo>标签
// 清除不需要的标签（<a><span><b><strong><em><u><strike><i>可出现在<p>内）
        $ret = strip_tags($ret, '<a><span><b><strong><em><u><strike><i><div><p><pre><code><video><source><embed><object><param><audio><bgsound><h1><h2><h3><h4><h5><table><tr><td><th><br><img><blockquote><ol><ul><li><en-todo>');

......

//恢复checkbox
$ret = str_replace('<en-todo checked="false"/>', '<input type="checkbox"/>', $ret);
$ret = str_replace('<en-todo checked="true"/>', '<input type="checkbox" checked="true"/>', $ret);