$(document).ready(function() {
  // hice el submit desde un botón,
  // para que sea más fácil saber cuando se hayan agregado otros files
  $('#submit').on('click', function(e) {
    e.preventDefault();

    var fileName = $(this)
      .val()
      .split('\')
      .pop();
    // obtenemos los input file con la clase '.file-upload'
    var $inputsFile = $('.file-upload');
    var formData = new FormData();
    $inputsFile.each(function(index) {
      // hacemos el append a formData
      formData.append('file' + index, $(this)[0].files[0]);
    });

    $.ajax({
      url: '/script/Guardar_Archivos.ashx',
      type: 'POST',
      data: formData,
      cache: false,
      contentType: false,
      processData: false,
      success: function() {
        alert('Archivo subido con exito');
      },
      error: function(err) {
        alert(err.statusText);
      }
    });
  });
});