trjconv -pbc mol -f system.gro -s em.tpr -o rebuilt_system.gro 
grompp -f em.mdp -c rebuilt_system.gro -p system.top -o em.tpr -maxwarn 1
mdrun -v -deffnm em

trjconv -s em.tpr -f em.trr -o em.xtc -pbc nojump
vmd rebuilt_system.gro em.xtc