; cyclohexane_GMX.itp created by acpype (Rev: 7268) on Sat Sep 28 21:40:04 2013 [ atomtypes ] ;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb hc hc 0.00000 0.00000 A 2.64953e-01 6.56888e-02 ; 1.49 0.0157 c3 c3 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 4.57730e-01 ; 1.91 0.1094 h3 h3 0.00000 0.00000 A 2.11499e-01 6.56888e-02 ; 1.19 0.0157 cl cl 0.00000 0.00000 A 3.47094e-01 1.10876e+00 ; 1.95 0.2650 [ moleculetype ] ;name nrexcl cyclohexane 3 [ atoms ] ; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type 1 hc 1 CHX H 1 0.038200 1.00800 ; qtot 0.038 2 c3 1 CHX C 2 -0.076400 12.01000 ; qtot -0.038 3 c3 1 CHX C1 3 -0.076400 12.01000 ; qtot -0.115 4 c3 1 CHX C2 4 -0.076400 12.01000 ; qtot -0.191 5 c3 1 CHX C3 5 -0.076400 12.01000 ; qtot -0.267 6 c3 1 CHX C4 6 -0.076400 12.01000 ; qtot -0.344 7 c3 1 CHX C5 7 -0.076400 12.01000 ; qtot -0.420 8 hc 1 CHX H1 8 0.038200 1.00800 ; qtot -0.382 9 hc 1 CHX H2 9 0.038200 1.00800 ; qtot -0.344 10 hc 1 CHX H3 10 0.038200 1.00800 ; qtot -0.306 11 hc 1 CHX H4 11 0.038200 1.00800 ; qtot -0.267 12 hc 1 CHX H5 12 0.038200 1.00800 ; qtot -0.229 13 hc 1 CHX H6 13 0.038200 1.00800 ; qtot -0.191 14 hc 1 CHX H7 14 0.038200 1.00800 ; qtot -0.153 15 hc 1 CHX H8 15 0.038200 1.00800 ; qtot -0.115 16 hc 1 CHX H9 16 0.038200 1.00800 ; qtot -0.076 17 hc 1 CHX H10 17 0.038200 1.00800 ; qtot -0.038 18 hc 1 CHX H11 18 0.038200 1.00800 ; qtot -0.000 [ bonds ] ; ai aj funct r k 1 2 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; H - C 2 6 1 1.5350e-01 2.5363e+05 ; C - C4 2 7 1 1.5350e-01 2.5363e+05 ; C - C5 2 13 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C - H6 3 5 1 1.5350e-01 2.5363e+05 ; C1 - C3 3 7 1 1.5350e-01 2.5363e+05 ; C1 - C5 3 8 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C1 - H1 3 14 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C1 - H7 4 5 1 1.5350e-01 2.5363e+05 ; C2 - C3 4 6 1 1.5350e-01 2.5363e+05 ; C2 - C4 4 9 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C2 - H2 4 15 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C2 - H8 5 10 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C3 - H3 5 16 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C3 - H9 6 11 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C4 - H4 6 17 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C4 - H10 7 12 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C5 - H5 7 18 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C5 - H11 [ pairs ] ; ai aj funct 1 3 1 ; H - C1 1 4 1 ; H - C2 1 11 1 ; H - H4 1 12 1 ; H - H5 1 17 1 ; H - H10 1 18 1 ; H - H11 2 5 1 ; C - C3 2 8 1 ; C - H1 2 9 1 ; C - H2 2 14 1 ; C - H7 2 15 1 ; C - H8 3 6 1 ; C1 - C4 3 9 1 ; C1 - H2 3 13 1 ; C1 - H6 3 15 1 ; C1 - H8 4 7 1 ; C2 - C5 4 8 1 ; C2 - H1 4 13 1 ; C2 - H6 4 14 1 ; C2 - H7 5 11 1 ; C3 - H4 5 12 1 ; C3 - H5 5 17 1 ; C3 - H10 5 18 1 ; C3 - H11 6 10 1 ; C4 - H3 6 12 1 ; C4 - H5 6 16 1 ; C4 - H9 6 18 1 ; C4 - H11 7 10 1 ; C5 - H3 7 11 1 ; C5 - H4 7 16 1 ; C5 - H9 7 17 1 ; C5 - H10 8 10 1 ; H1 - H3 8 12 1 ; H1 - H5 8 16 1 ; H1 - H9 8 18 1 ; H1 - H11 9 10 1 ; H2 - H3 9 11 1 ; H2 - H4 9 16 1 ; H2 - H9 9 17 1 ; H2 - H10 10 14 1 ; H3 - H7 10 15 1 ; H3 - H8 11 13 1 ; H4 - H6 11 15 1 ; H4 - H8 12 13 1 ; H5 - H6 12 14 1 ; H5 - H7 13 17 1 ; H6 - H10 13 18 1 ; H6 - H11 14 16 1 ; H7 - H9 14 18 1 ; H7 - H11 15 16 1 ; H8 - H9 15 17 1 ; H8 - H10 [ angles ] ; ai aj ak funct theta cth 1 2 6 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; H - C - C4 1 2 7 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; H - C - C5 1 2 13 1 1.0835e+02 3.2995e+02 ; H - C - H6 2 6 4 1 1.1063e+02 5.2894e+02 ; C - C4 - C2 2 6 11 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C - C4 - H4 2 6 17 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C - C4 - H10 2 7 3 1 1.1063e+02 5.2894e+02 ; C - C5 - C1 2 7 12 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C - C5 - H5 2 7 18 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C - C5 - H11 3 5 4 1 1.1063e+02 5.2894e+02 ; C1 - C3 - C2 3 5 10 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C1 - C3 - H3 3 5 16 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C1 - C3 - H9 3 7 12 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C1 - C5 - H5 3 7 18 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C1 - C5 - H11 4 5 10 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C2 - C3 - H3 4 5 16 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C2 - C3 - H9 4 6 11 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C2 - C4 - H4 4 6 17 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C2 - C4 - H10 5 3 7 1 1.1063e+02 5.2894e+02 ; C3 - C1 - C5 5 3 8 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C3 - C1 - H1 5 3 14 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C3 - C1 - H7 5 4 6 1 1.1063e+02 5.2894e+02 ; C3 - C2 - C4 5 4 9 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C3 - C2 - H2 5 4 15 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C3 - C2 - H8 6 2 7 1 1.1063e+02 5.2894e+02 ; C4 - C - C5 6 2 13 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C4 - C - H6 6 4 9 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C4 - C2 - H2 6 4 15 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C4 - C2 - H8 7 2 13 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C5 - C - H6 7 3 8 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C5 - C1 - H1 7 3 14 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C5 - C1 - H7 8 3 14 1 1.0835e+02 3.2995e+02 ; H1 - C1 - H7 9 4 15 1 1.0835e+02 3.2995e+02 ; H2 - C2 - H8 10 5 16 1 1.0835e+02 3.2995e+02 ; H3 - C3 - H9 11 6 17 1 1.0835e+02 3.2995e+02 ; H4 - C4 - H10 12 7 18 1 1.0835e+02 3.2995e+02 ; H5 - C5 - H11 [ dihedrals ] ; propers ; treated as RBs in GROMACS to use combine multiple AMBER torsions per quartet ; i j k l func C0 C1 C2 C3 C4 C5 1 2 6 4 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; H- C- C4- C2 1 2 6 11 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H- C- C4- H4 1 2 6 17 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H- C- C4- H10 1 2 7 3 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; H- C- C5- C1 1 2 7 12 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H- C- C5- H5 1 2 7 18 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H- C- C5- H11 2 6 4 5 3 3.68192 3.09616 -2.09200 -3.01248 0.00000 0.00000 ; C- C4- C2- C3 2 6 4 9 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C- C4- C2- H2 2 6 4 15 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C- C4- C2- H8 2 7 3 5 3 3.68192 3.09616 -2.09200 -3.01248 0.00000 0.00000 ; C- C5- C1- C3 2 7 3 8 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C- C5- C1- H1 2 7 3 14 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C- C5- C1- H7 3 5 4 6 3 3.68192 3.09616 -2.09200 -3.01248 0.00000 0.00000 ; C1- C3- C2- C4 3 5 4 9 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C1- C3- C2- H2 3 5 4 15 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C1- C3- C2- H8 3 7 2 6 3 3.68192 3.09616 -2.09200 -3.01248 0.00000 0.00000 ; C1- C5- C- C4 3 7 2 13 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C1- C5- C- H6 4 5 3 7 3 3.68192 3.09616 -2.09200 -3.01248 0.00000 0.00000 ; C2- C3- C1- C5 4 5 3 8 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C2- C3- C1- H1 4 5 3 14 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C2- C3- C1- H7 4 6 2 7 3 3.68192 3.09616 -2.09200 -3.01248 0.00000 0.00000 ; C2- C4- C- C5 4 6 2 13 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C2- C4- C- H6 5 3 7 12 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C3- C1- C5- H5 5 3 7 18 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C3- C1- C5- H11 5 4 6 11 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C3- C2- C4- H4 5 4 6 17 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C3- C2- C4- H10 6 2 7 12 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C4- C- C5- H5 6 2 7 18 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C4- C- C5- H11 6 4 5 10 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C4- C2- C3- H3 6 4 5 16 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C4- C2- C3- H9 7 2 6 11 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C5- C- C4- H4 7 2 6 17 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C5- C- C4- H10 7 3 5 10 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C5- C1- C3- H3 7 3 5 16 3 0.66944 2.00832 0.00000 -2.67776 0.00000 0.00000 ; C5- C1- C3- H9 8 3 5 10 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H1- C1- C3- H3 8 3 5 16 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H1- C1- C3- H9 8 3 7 12 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H1- C1- C5- H5 8 3 7 18 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H1- C1- C5- H11 9 4 5 10 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H2- C2- C3- H3 9 4 5 16 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H2- C2- C3- H9 9 4 6 11 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H2- C2- C4- H4 9 4 6 17 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H2- C2- C4- H10 10 5 3 14 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H3- C3- C1- H7 10 5 4 15 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H3- C3- C2- H8 11 6 2 13 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H4- C4- C- H6 11 6 4 15 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H4- C4- C2- H8 12 7 2 13 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H5- C5- C- H6 12 7 3 14 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H5- C5- C1- H7 13 2 6 17 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H6- C- C4- H10 13 2 7 18 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H6- C- C5- H11 14 3 5 16 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H7- C1- C3- H9 14 3 7 18 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H7- C1- C5- H11 15 4 5 16 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H8- C2- C3- H9 15 4 6 17 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; H8- C2- C4- H10