SHARE
TWEET

Untitled

a guest Jan 12th, 2017 66 in 23 days
Not a member of Pastebin yet? Sign Up, it unlocks many cool features!
  1. # !/bin/bash
  2.  
  3. # This part downloads the files from GEO Roadmap and takes a list of
  4. # their GSM IDs as argument
  5. while read GSM
  6. do
  7. #    gsm2fastq $GSM n.bruse@student.ru.nl -o $HOME/GSM_ChIP_files/$GSM/
  8.  
  9.     NGSM=`grep -iw $GSM $HOME/GSM_ChIP_files/GSM_info2.txt | cut -f 3`
  10.     TGSM=`grep -iw $GSM $HOME/GSM_ChIP_files/GSM_info2.txt | cut -f 5`
  11.  
  12. done <$1
  13.  
  14. Ik wil de variables graag naast elkaar gebruiken. Als ik nu dit doe:
  15.  
  16.     echo $NGSM
  17.     echo $TGSM
  18.     echo $GSM
  19.  
  20. doe komt er heel netjes dit:
  21.  
  22.     CD15_cells_42NF9AAXX091210-3-S
  23.     H3K4me3
  24.     GSM537702
  25.  
  26. Maar in realiteit moeten ze naast elkaar maar als ik nu dit doe:
  27.  
  28.     echo $NGSM.$TGSM.$GSM
  29.  
  30. krijg ik dit:
  31.  
  32.     .GSM537702_42NF9AAXX091210-3-S.H3K4me3
RAW Paste Data
Top