Lab 2 code

%%% full_procedure.m
% For å få det til å fungere må du ha Fiji.app i Path. Dra Fiji.app til samme mappe som koden, høyreklikk og velg "Add to path" -> "Selected folder and subfolders".
clearvars

% Konfigurasjon, juster etter eget eksperiment
RAW_DATA_FILENAME     = 'boogie.xml';
METERS_PER_PIXEL      = 2.26e-7; % Funnet med ImageJ sin "Set scale"-funksjon
SECONDS_PER_FRAME     = 1/7; % Det ser ikke ut til at ImageJ faktisk klarer å eksportere i ikke-heltallig bildefrekvens! Sjekk om din video faktisk har den bildefrekvensen du tror.
TEMPERATURE           = 22 + 273.15;
VISCOSITY_OF_WATER    = 8.9e-4;
RADIUS_OF_PARTICLES   = 1e-6/2;

% Les data
tracks                = readXML(RAW_DATA_FILENAME, SECONDS_PER_FRAME);
steps                 = getSteps(tracks, METERS_PER_PIXEL);
steps                 = removeStationaryArtifacts(steps);
[mean_step, variance] = getMeanAndVariance(steps);

% Finn kB
boltzmanns_constant = (3*pi*VISCOSITY_OF_WATER*variance*RADIUS_OF_PARTICLES)/(TEMPERATURE*SECONDS_PER_FRAME);

% Plott
histfit(steps, 1000);

%%% readXML.m
function tracks = readXML( raw_data_filename, scaleT )
    % Importer all XML-data
    % For å få gyldig XML-fil: gå helt til slutten av Trackmate-prosedyren, velg "Export as XML file" og trykk på "Execute"
    disp(['Leser inn ' raw_data_filename]);
    % Andre argument som true fjerner unødvendig informasjon om z-koordinat
    % Tredje argument gir tid i fysiske enheter hvis du har endret 2. linje i XML-fila
    tracks = importTrackMateTracks(raw_data_filename, true, scaleT);
    disp(['Ferdig med å lese inn ' raw_data_filename]);
end

%%% getSteps.m
function delta_vector = getSteps( tracks, meters_per_pixel )
    % Hent ut delta X og delta Y
    delta_x_vector = [];
    delta_y_vector = [];
    for i=1:length(tracks)
        track = tracks{i};
        delta_x_vector = [delta_x_vector diff(track(:, 2))']; %#ok
        delta_y_vector = [delta_y_vector diff(track(:, 3))']; %#ok
    end

    % Alternativ 1: Konkatener delta X og delta Y (fungerer kun hvis man ikke har drift)
    %delta_vector = meters_per_pixel*[delta_x_vector delta_y_vector];
    % Alternativ 2: Dropp y-verdier
    delta_vector = meters_per_pixel*delta_x_vector;
end

%%% removeStationaryArtifacts.m
function steps = removeStationaryArtifacts(steps)
    steps(isArtifact(steps)) = [];
end

%%% isArtifact.m
function result = isArtifact(step)
    % Kan forbedres eller tilpasses egne data
    result = (abs(step) < 1e-8);
end

%%% getMeanAndMeanSquare.m
function [mean_delta, variance_in_delta] = getMeanAndVariance(delta_vector)
    mean_delta = mean(delta_vector);
    variance_in_delta = mean(delta_vector.^2) - mean_delta^2; % Siste ledd korrigerer for drift
end