use warnings;
# use strict

use Bio::Seq;
use Bio::SeqIO;

# wyswietlanie polecenia zdania
print "Zlokalizowanie we wczytanej sekwencji nukleotydowej miejsc wystapienia podanego z klawiatury przez użytkownika ciągu nukleotydów ATG, w tym poinformowanie o niewystapieni\n";

# wyswietlanie autora skryptu i rok jego przygotowanie
print "Dominika Tempka 2017 \n";

# skladnia uzycia
print "perl tempka_d.pl \n";

# poproszenie użytkownika o wprowadzenie sekwencji z klawiatury za pomocą polecenia <> i przypisanie do zmiennej $sequence
print "wprowadz sekwencje: \n";
my $sequence=<>;

# utworzenie obiektu sekwencji poprzez wstawienie podanej przez użytkownika sekwencji jako parameter
# lc przed $sequence oznacza że wszystkie duże litery zamieniane są na małe, dla porządku
$seq_obj = Bio::Seq->new(-seq => lc $sequence);

# wyswietlenie podanej sekwencji
print $seq_obj->seq + "\n";

# char mowi o fragmencie ATG, ktory wyszukuje w podanej sekwencji
my $char = 'atg';
my $offset = 0;

# sprawdzenie poraz pierwszy czy w sekwncji występuje ATG, jeśli tak metoda index zwraca miejsce w którym występuje
my $result = index($seq_obj->seq, $char, $offset);

# sprawdzenie w petli wystąpień ATG w sekwencji
while($result != -1) {
	#poinformuj o wystąpieniu
	print "znaleziono $char na $result \n";
	$offset = $result + 1;
	$result = index($seq_obj->seq, $char, $offset);
}

#sprawdzenie czy sekwencja została znaleziona
if($offset == 0) {
	print "nie znaleziono żadnej sekwencji ATG";
}

exit 0;