#!/bin/bash

for r in /home/bioin/Desktop/ddd/*.cnv
do
	allcnv=$(wc -l $r | awk '{print $1}')

	iledel=$(cat $r | grep 'deletion' | wc -l)
	iledup=$(cat $r | grep 'duplication' | wc -l)

	chr3del=$(cat $r | grep -e 'chr3' | grep 'deletion' | wc -l)
	chr3dup=$(cat $r | grep -e 'chr3' | grep 'duplication' | wc -l)

	pro=$[ ($iledup * 100)/$allcnv ]

	dl=$(cat $r | cut -f 3 )
	d=0
	for b in $dl
	do
		d=$(expr $d + $b)
	done
	srpol=$[$d / $allcnv]

	lista=(1,3)
	dldup=$(cat $r | cut --fields=$lista | grep 'duplication')
	dd=0
	for b in $dldup
	do
		if [ $b != "duplication" ]
		then
			dd=$(expr $dd + $b)
		fi
	done
	srdup=$[$dd/$iledup]

	ddup=$(cat $r | grep 'duplication' | cut -f 3 | sort -n )
	echo $ddup

echo "Liczba wszystkich CNV:" $(basename $r .cnv) $allcnv >> odp.txt
echo "Liczba wszystkich delecji:" $(basename $r .cnv) $iledel >> odp.txt
echo "Liczba wszystkich duplikacji:" $(basename $r .cnv) $iledup >> odp.txt
echo "Liczba delecji na chromosomie 3:" $(basename $r .cnv) $chr3del >> odp.txt
echo "Liczba duplikacji na chromosomie 3:" $(basename $r .cnv) $chr3dup >> odp.txt
echo "Zawartość procentowa duplikacji:" $(basename $r .cnv) $pro >> odp.txt
echo "Średnia długość dla wszystkich polimorfiznów:" $(basename $r .cnv) $srpol >> odp.txt
echo "Średnia długość duplikacji:" $(basename $r .cnv) $srdup >> odp.txt
echo "Dlugosc najdluzszej duplikacji:"
echo "---------------------------------------------" >> odp.txt

done