Lab9

class DNA:
    def __init__(self,nome_DNA=None,seq_bases=None):
        self.nome_DNA=nome_DNA
        self.seq_bases=seq_bases
    def countGC(self):
        """GC percent"""
        count=0
        for i in self.seq_bases:
            if i=="G" or i=="C":
                count=count+1
        print float(count)/float(len(self.seq_bases))
    def __str__(self):
        return "DNA ", self.nome_DNA, ":", self.seq_bases
    def __eq__(self, other):
        print self.seq_bases == other.seq_bases

seq1 = DNA("seq", "AGTAGTGCCTTATTAATTA")
seq2 = DNA("seq", "AGTAGTGCCTTATTAATTA")

class Protein(DNA):
    def __init__(self, nome_p=None, seq_amino=None, seq_bases=None):
        self.nome_p=nome_p
        self.seq_amino=seq_amino
        DNA.__init__(self, seq_bases)
    def __str__(self):
        return "Protein ", self.nome_p, ":", self.seq_amino, "--> ", DNA.__str__(self)
    def __eq__(self, other):
        print self.seq_amino == other.seq_amino
    def hidrophobicityScale(self, windowSize):
        dic={"A": 1.8, "R": -4.5, "N": -3.5, "D": -3.5, "C": 2.5, "Q": -3.5, "E": -3.5, "G": 0.4, "H": -3.2, "I": 4.5, "L": 3.8, "K": -3.9, "M": 1.9, "F": 2.8, "P": -1.6, "S": -0.8, "T": -0.7, "W": -0.9, "Y": -1.3, "V": 4.2}
        if 0 < windowSize <= len(self.seq_amino):
            t=len(self.seq_amino)/windowSize #a sequencia sera percorrida de t em t aminoacidos
            i=0
            j=[]
            for i in range(len(self.seq_amino)):
                j.append(dic[self.seq_amino[i]])
                i=i+t
        print j

"""o metodo hidrophobicityScale percorre a sequencia de aminoacidos da proteina (letras) de acordo com a windowsize (numero), retornando o valor de
hidrofobia para cada aminoacido (dic), o que gera uma lista de valores(j). Caso o tamanho da sequancia nao seja um multiplo da
windowszie, os ultimos aminoacidos sao desconsiderados"""



pro1 = Protein("shh", "ARRRNLLKAM", seq1)
pro2 = Protein("shh", "ARRRNLLKAM", seq2)

seq1 == seq2
pro1 == pro2

pro1.hidrophobicityScale(2)