int SEKOND;

@Override
    public void onClick(View v) {
        switch (v.getId()){
            case R.id.button_dif
                SEKOND = 5000;
                Intent intent = new Intent(this,Activity2.class);
                intent.putExtra("sekondDif",SEKOND);
                startActivity(intent);
                break;
            case R.id.button_is:
                SEKOND = 50000;
                Intent intent1 = new Intent(this,Activity2.class);
                intent1.putExtra("sekondIs",SEKOND);
                startActivity(intent1);
                break;

        }
    }

Bundle extras = getIntent().getExtras();

int id0 = extras.getInt("sekondDif");
int id1 = extras.getInt("sekondIs");

new CountDownTimer(id, 1000) {}

Bundle extras = getIntent().getExtras();

//зададим -1 как значение по умолчанию.
//им будет инициализированна переменная, если в Bundle нет искомого ключа.
//если этот аргумент не указать и значения по ключу нет, то присвоится 0
int id0 = extras.getInt("sekondDif", -1);
int id1 = extras.getInt("sekondIs", -1);

if(id0 != -1)
{ //значит получено "sekondDif" }
else if if(id1 != -1)
{ //значит получено "sekondIs" }