int main(int argc, char *argv[])
{
    int posi;
    int przelacznik=0;
    /** mozna zrobic jakas wartosc ktorej jak nie przekroczy "whole" to wtedy nie zapisuje/nie wrzuca do matrycy
        trzeb zrobic unikalna wartosc ktorej nigdy nie osiaga matryca, i jesli jest rozna (np 8) to nie zapisuje jej**/

    for (int i=0; i<argc; i++ )
    {
        string s(argv[i]);
        posi = s.find("-finput");
        if (posi >=0)
        {
           s.erase(0,7);
           inputfname.assign(s);
        }
    }
    indata = readfile(inputfname);
    string przetwarzane = *indata;
    set<int> s( czy_rowne.begin(), czy_rowne.end() ); /** usuwnie duplikatow z wektora**/
    if(s.size()>1)
    {
        cout<<"Blad! Sekwencje nie sa rowne!!"<<endl;
        return 0;
    }
    string teraz;
    int tyle=0;
    int liczba_s = dlugosci.size(); /// liczba sekwencji, wiele forow od tego dziala wiec dla uscislenia size() zrobilem zmienna :)
    for(int x=0;x<liczba_s;x++)
    {
            teraz=przetwarzane.substr(dlugosci[x],czy_rowne[0]);
            sekwencja A;
            A.idseq=naglowki[x];
            A.seq=teraz;
            cout<<A.idseq<<endl;
            cout<<A.seq<<endl;
            int tyleA=0;
            int tyleC=0;
            int tyleG=0;
            int tyleT=0;
            for(int y=0;y<teraz.size();y++)
            {
                if(teraz[y]=='A')
                {
                    tyleA++;
                }
                else if(teraz[y]=='C')
                {
                    tyleC++;
                }
                else if(teraz[y]=='T')
                {
                    tyleT++;
                }
                else if(teraz[y]=='G')
                {
                    tyleG++;
                }
            }
            A.ileA=tyleA;
            A.ileC=tyleC;
            A.ileG=tyleG;
            A.ileT=tyleT;
            seqstack.push_back(A);
            cout<<A.ileC<<endl;
            cout<<A.ileT<<endl;
            cout<<A.ileG<<endl;
            cout<<A.ileA<<endl;
    }
    int rozmiar = przetwarzane.size()/liczba_s;
    matryca = new char *[2];
    for (int i=0; i<liczba_s; i++)
    {
        matryca[i]= new char [rozmiar];
    }
    for(int i=0; i<liczba_s; i++)
    {
        for (int j=0; j<rozmiar; j++)
        {
            matryca[i][j]=' ';
        }
    }
    wynikowa = new float *[rozmiar];
    for(int i=0; i<rozmiar; i++)
    {
        wynikowa[i]= new float [rozmiar];
    }
    for(int i=0; i<rozmiar; i++)
    {
        for (int j=0; j<rozmiar; j++)
        {
            wynikowa[i][j]=8.0;/** wstepnie jest 2, potem sie wymysli wartosc unikalna zeby sie git czytalo czy cos**/
        }
    }
    for(int o=0;o<liczba_s;o++)
    {
        for (int g=0; g<rozmiar; g++)
        {
            matryca[o][g]=seqstack[o].seq.at(g);
        }
    }

    /**liczenie mutuala dla poszczegolnych kolumn**/

 /*   for(int i=0; i<pairs.size(); i++)
    {
        it = two.find(string(pairs[i]) );
        if ( it != two.end() )
        {
             it->second = it->second + 1.0;
            //dwojki[string(pary[i])]=2.0;
        }
        else
        {
            two[string(pairs[i])]=1.0;
        }
    }

   for (it = two.begin(); it != two.end(); ++it)
        {
            cout << it->first << setw(5) << it->second << endl;
        }
      //  return 0;


    */


    /** pary.erase( unique( pary.begin(), pary.end() ), pary.end() ); **/
    /// to jest mozliwie potrzebne :P

    string first;
    string second;
    vector <string> pairs; /** wstepnie wymyslilem wektor **/
    map<string, float> two;
    map<string, float> ein;
    map<string, float> zwei;
    map<string, float>::iterator it;
    map<string, float>::iterator iti;
    map<string, float>::iterator itj;
    float part = 0.0;
    float whole = 0.0;
    /// nowa taktyka vektory przechowujace wystapienia itych jotych i dwojek bo nie mozna rownolegle puscic 3 forow
    /// od roznych iteratorow zeby zliczyc w 1 forze wzor dla aktualnej pary
    vector <float> ite;
    vector <float> jte;
    vector <float> oba;
    float fo_log = 0.0;
    cout<<endl<<endl;
    for (int i=0; i<rozmiar; i++)
    {
        /// mapa 1 kolumny
        for(int x=0;x<liczba_s;x++)
        {

            first.push_back(matryca[x][i]);
            it = ein.find(first);
            if ( it != ein.end() )
            {
                it->second = it->second + 1.0;
            }
            else
            {
                ein[first]=1.0;
            }
            first.clear();
        }
        for (it = ein.begin(); it != ein.end(); ++it)
        {
            it->second = it->second/liczba_s;
        }
       /* cout<<"pjersza"<<endl;
        for (it = ein.begin(); it != ein.end(); ++it)
        {
            cout << it->first << setw(5) << it->second << endl;
        }*/
        /// koniec mapy 1 kolumny

        for (int j=i+1; j<rozmiar; j++)
        {
            /// mapa liczenia innej kolumny
            for(int x=0;x<liczba_s;x++)
            {
                first.push_back(matryca[x][j]);
                it = zwei.find(first);
                if ( it != zwei.end() )
                {
                    it->second = it->second + 1.0;
                }
                else
                {
                    zwei[first]=1.0;
                }
                first.clear();
            }
            for (it = zwei.begin(); it != zwei.end(); ++it)
            {
                it->second = it->second/liczba_s;
            }
        /*    cout<<"drooga"<<endl;
            for (it = zwei.begin(); it != zwei.end(); ++it)
            {
                cout << it->first << setw(5) << it->second << endl;
            }*/

            /// DWOJKI
            for(int x=0;x<liczba_s;x++)
            {
                first.push_back(matryca[x][i]); /** tutaj robi sie slownik ala pythonowy ktory zbiera pary z danej iteracji: i , j=i+1**/
                first.push_back(matryca[x][j]);
                it = two.find(first);
                if ( it != two.end() )
                {
                    it->second = it->second + 1.0;
                }
                else
                {
                    two[first]=1.0;
                }
                first.clear();
            }
            for (it = two.begin(); it != two.end(); ++it) /** wyznaczanie wspolczynnikow czestosci (np. para AC byla 0.2)**/
            {
                it->second = it->second/liczba_s;
            }
          /*  for (it = two.begin(); it != two.end(); ++it)
            {
                cout << it->first << setw(5) << it->second << endl;
            }*/
            ///liczenie!!!
            part = 0.0;
            whole = 0.0;
            string przechowuje;
            string jeden; /// przechowywanie literek z dwojki
            string drugi;
            float yeden, droogi = 0.0; /// przechowuja wartosci wystapien pojedynczych nukelotydow
            for (it = two.begin(); it != two.end(); ++it)
            {
                przechowuje = it->first;
                //cout<<przechowuje<<" ";
                jeden = przechowuje.at(0);
                drugi = przechowuje.at(1);
                iti = ein.find(jeden);
             /*   if ( iti == ein.end() )
                {
                    yeden = iti->second;
                }*/
                itj = zwei.find(drugi);
               /* if ( itj == zwei.end() )
                {
                    droogi = itj->second;
                } */
                //cout<<it->second<<" "<<iti->second<<" "<<itj->second<<" ";
                fo_log = it->second/(iti->second*itj->second);
                fo_log = log2(fo_log);
                //cout<<fo_log<<" ";

                //cout<<it->second<<" "<<iti->second<<" "<<itj->second<<endl;
                part = it->second * fo_log;
                whole = whole + part;
                //cout<<part<<endl;
            }
            //cout<<whole<<endl; /**tylko zapis do matrycy i wszystko!!!! :) **/
            wynikowa[i][j]=whole;
            whole = 0.0;
            two.clear();
            zwei.clear();
        }
        ein.clear();
    }
    ofstream zapis;
    string filename;
    cout<<"Wprowadz nazwe pliku do ktorego ma byc zapisany wynik programu z roszszerzeniem (np  .txt)"<<endl;
    cin>>filename;
    cout<<endl<<endl;
    zapis.open(filename.c_str(), ios::out|ios::trunc); //trunc - wyczyszczenie piku textowego
    zapis.close();
    zapis.open(filename.c_str(), ios::out|ios::app);
    cout<<"Saving..."<<endl;
    for(int a=0;a<rozmiar;a++)
    {
        for(int b=a+1;b<rozmiar;b++)
        {
            zapis << "M" << "("  << a << ","  << b << ") = " << wynikowa[a][b] << "\n" ;
        }
    }
    zapis.close();
    /*for(int i=0; i<rozmiar; i++)
    {
        cout<<i<<" ";
        for (int j=0; j<rozmiar; j++)
        {
            cout<<wynikowa[i][j]<<" ";
        }
        cout<<endl;
    }*/
    cout<<"Saving done"<<endl;
    delete wynikowa;
    delete matryca;
    return 0;
}