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- from_soft:
- # text-text-text-text-text-text-text-text-text-text-
- # text-text-text-text-text-text-text-text-text-text-
- # text-text-text-text-text-text-text-text-text-text-
- # text-text-text-text-text-text-text-text-text-text-
- 1: SpeciesA SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesE
- 2: SpeciesA SpeciesC SpeciesE SpeciesD SpeciesF SpeciesG SpeciesH
- 3: SpeciesB SpeciesC SpeciesF
- 4: SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesF SpeciesH
- [...]
- cliques<-readLines("from_soft.txt",n=-1,ok=T,warn=T,encoding="unknow",skipNul=F)
- from_soft<-as.data.frame(from_soft)[-(1:5),]
- head(from_soft)
- [1] 0: SpeciesA SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesE 1: SpeciesA SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesE 2: SpeciesA SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesE
- [4] 3: SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesF SpeciesH [...]
- print(ref)
- 3324 SpeciesA SpeciesB 1
- 3325 SpeciesA SpeciesC 2
- 3326 SpeciesA SpeciesD 12
- 3327 SpeciesA SpeciesE 1
- 3328 SpeciesA SpeciesF 71
- 3329 SpeciesA SpeciesG 6
- 3330 SpeciesA SpeciesH 15
- 3331 SpeciesB SpeciesC 2
- 3332 SpeciesB SpeciesF 4
- 3333 SpeciesB SpeciesD 17
- [...]
- 1: SpeciesASpeciesB|SpeciesASpeciesC|SpeciesASpeciesD|SpeciesASpeciesE|SpeciesBSpeciesC|SpeciesBSpeciesD|SpeciesBSpeciesE|SpeciesCSpeciesD|SpeciesCSpeciesE|SpeciesDSpeciesE|
- 1: 3.5 (= mean of all pairs in the clique '1:')
- 2: 4.2
- 3: 1.5
- 4: 6
- [...]
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