codigo

<?php

$str = "SELECT * FROM tabla WHERE ";

// trim a todo
$data = array();
$data['User']['cuenta'] = NULL;
$data['User']['cuenta2'] = 1;

$flag = false;
if(!empty($data['User']['cuenta'])) {
        if($flag) {
                $str .= " AND ";
        }
        $str .= "cuenta like '%{$data['User']['cuenta']}%' ";
        $flag = true;
}

if(!empty($data['User']['cuenta2'])) {
        if($flag) {
                $str .= " AND ";
        }
        $str .= "cuenta2 = {$data['User']['cuenta2']} ";
        $flag = true;
}

echo 'query: ' . $str;