<nav>
 <ul>
  <li><a href="#ancla1">ancla1</a></li>
  <li><a href="#ancla2">ancla2</a></li>
  <li><a href="#ancla3">ancla3</a></li>
 </ul>
</nav>

$(document).ready(function () {
  $('a').click(function(e){ // <-- cambiar esto
    e.preventDefault();
    $('html, body').stop().animate({scrollTop: $($(this).attr('href')).offset().top}, 1000);
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});

<nav>
 <ul>
  <li><a class="interno" href="#ancla1">ancla1</a></li>
  <li><a class="interno"  href="#ancla2">ancla2</a></li>
  <li><a class="interno"  href="#ancla3">ancla3</a></li>
 </ul>
</nav>

$(document).ready(function () {
  $('a.interno').click(function(e){ // <-- mira el cambio
    e.preventDefault();
    $('html, body').stop().animate({scrollTop: $($(this).attr('href')).offset().top}, 1000);
  });
});