#include <stdio.h>
#include <iostream>
#include <string>
#include <fstream>
#include <iostream>
#include <math.h>
#include <stdlib.h>
#include <vector>
using namespace std;
    //string nazwa_fas_sek1, nazwa_fas_sek2, nazwa_fas_sek3,nazwa_fas_sek4,nazwa_fas_sek5, nazwa_fas_sek6, nazwa_fas_sek7;

    int dlugosc_fas1, dlugosc_fas2, dlugosc_fas3, dlugosc_fas4, dlugosc_fas5, dlugosc_fas6, dlugosc_fas7;
    //char *zawartosc_sekwencji1, *zawartosc_sekwencji2, *zawartosc_sekwencji3;
    //char *zawartosc_sekwencji4,*zawartosc_sekwencji5,*zawartosc_sekwencji6;
    //char *zawartosc_sekwencji7;
    //int *wierzytelnosc_nukleotydu1, *wierzytelnosc_nukleotydu2, *wierzytelnosc_nukleotydu3;
    //int *wierzytelnosc_nukleotydu4, *wierzytelnosc_nukleotydu5, *wierzytelnosc_nukleotydu6;
    //int *wierzytelnosc_nukleotydu7;
    //vector <int> pozycja_nukleotydu_sek1;
    //vector <int> pozycja_nukleotydu_sek2;
    //vector <int> pozycja_nukleotydu_sek3;
    /*vector <int> pozycja_nukleotydu_sek4;
    vector <int> pozycja_nukleotydu_sek5;
    vector <int> pozycja_nukleotydu_sek6;
    vector <int> pozycja_nukleotydu_sek7;
    int okno;
    int granica_wierzytelnosci;
    vector <char> zawartosc_uwierzytelniona1;
    vector <char> zawartosc_uwierzytelniona2;
    vector <char> zawartosc_uwierzytelniona3;
    vector <char> zawartosc_uwierzytelniona4;
    vector <char> zawartosc_uwierzytelniona5;
    vector <char> zawartosc_uwierzytelniona6;
    vector <char> zawartosc_uwierzytelniona7;
    vector <string> zespoly_sek1;
    vector <string> zespoly_sek2;
    vector <string> zespoly_sek3;
    vector <string> zespoly_sek4;
    vector <string> zespoly_sek5;
    vector <string> zespoly_sek6;
    vector <string> zespoly_sek7;
    bool **macierz_sasiedztwa;
//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
    //void uwierzytelnianie();
    //void wypelnianie_tablicy();
   // void szukanie_kliki();

///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// */
int main()
{
    string nazwa_fas_sek1, nazwa_fas_sek2, nazwa_fas_sek3,nazwa_fas_sek4,nazwa_fas_sek5, nazwa_fas_sek6, nazwa_fas_sek7;
    string nazwa_qual_sek1, nazwa_qual_sek2, nazwa_qual_sek3, nazwa_qual_sek4, nazwa_qual_sek5, nazwa_qual_sek6, nazwa_qual_sek7;

    fstream plik1;
    fstream plik2;
    string plik_fasta;
    string plik_qual;
    cout << "Podaj nazwy pliku fasta" << endl;
    cin >> plik_fasta;
    cout << "Podaj nazwe pliku qual"<<endl;
    cin >> plik_qual;
    plik1.open (plik_fasta.c_str(),ios::in);
    plik2.open (plik_qual.c_str(),ios::in);
    if (!plik1)
    {
        cout<<"Blad otwarcia pliku fasta\n" << plik1 ;
        return 0;
    }
   if (!plik2)
    {
       cout<<"Blad otwarcia pliku qual\n" << plik2 ;
       return 0;
    }
   /////////////////////////////////////////////////////////sekwencja 1//////////////////
    plik1>>nazwa_fas_sek1;
    plik1>>dlugosc_fas1;
    cout<<nazwa_fas_sek1<<" "<<dlugosc_fas1<<endl;
    char* zawartosc_sekwencji1= new char[dlugosc_fas1];
    int* wierzytelnosc_nukleotydu1=new int[dlugosc_fas1];
    for(int i=0;i<=dlugosc_fas1-1;i++)
    {
        plik1>>zawartosc_sekwencji1[i];
        plik2>>wierzytelnosc_nukleotydu1[i];
        cout<<zawartosc_sekwencji1[i]<<"->";
        cout<<wierzytelnosc_nukleotydu1[i]<<" ";

    }



    cout<<endl;
////////////////////////////////////sekwencja 2////////////////
    plik1>>nazwa_fas_sek2;
    plik1>>dlugosc_fas2;
    cout<<nazwa_fas_sek2<<" "<<dlugosc_fas2<<endl;
    char* zawartosc_sekwencji2= new char[dlugosc_fas2];
    int* wierzytelnosc_nukleotydu2=new int[dlugosc_fas2];
    for(int i=0;i<=dlugosc_fas2-1;i++)
    {
        plik1>>zawartosc_sekwencji2[i];
        plik2>>wierzytelnosc_nukleotydu2[i];
        cout<<zawartosc_sekwencji2[i]<<"->";
        cout<<wierzytelnosc_nukleotydu2[i]<<" ";
    }
    cout<<endl;
////////////////////////////////wczywtywanie sekwencji 3////////////

    plik1>>nazwa_fas_sek3;
    plik1>>dlugosc_fas3;
    cout<<nazwa_fas_sek3<<" "<<dlugosc_fas3<<endl;
    char* zawartosc_sekwencji3= new char[dlugosc_fas3];
    int* wierzytelnosc_nukleotydu3=new int[dlugosc_fas3];
    for(int i=0;i<=dlugosc_fas3-1;i++)

    {
        plik1>>zawartosc_sekwencji3[i];
        plik2>>wierzytelnosc_nukleotydu3[i];
        cout<<zawartosc_sekwencji3[i]<<"->";
        cout<<wierzytelnosc_nukleotydu3[i]<<" ";
            }
cout<<endl;
////////////////////////////////////wczytywanie sekwencji 4////////////////////
    plik1>>nazwa_fas_sek4;
    plik1>>dlugosc_fas4;
    cout<<nazwa_fas_sek4 <<" "<<dlugosc_fas4 <<endl;
    char* zawartosc_sekwencji4= new char[dlugosc_fas4];
    int* wierzytelnosc_nukleotydu4=new int[dlugosc_fas4];
    for(int i=0;i<=dlugosc_fas4-1;i++)
    {
        plik1>>zawartosc_sekwencji4[i];
        plik2>>wierzytelnosc_nukleotydu4[i];
        cout<<zawartosc_sekwencji4[i]<<"->";
        cout<<wierzytelnosc_nukleotydu4[i]<<" ";
    }
    cout<<endl;
    //////////////////////////////////////wczytywanie sekwencji 5//////////////
    plik1>>nazwa_fas_sek5;
    plik1>>dlugosc_fas5;
    cout<<nazwa_fas_sek1<<" "<<dlugosc_fas1<<endl;
    char* zawartosc_sekwencji5= new char[dlugosc_fas5];
    int* wierzytelnosc_nukleotydu5=new int[dlugosc_fas5];
    for(int i=0;i<=dlugosc_fas5-1;i++)
    {
        plik1>>zawartosc_sekwencji5[i];
        plik2>>wierzytelnosc_nukleotydu5[i];
        cout<<zawartosc_sekwencji5[i]<<"->";
        cout<<wierzytelnosc_nukleotydu5[i]<<" ";
    }

    cout<<endl;
//////////////////////////////////////wczytywanie sekwencji 6/////////////
    plik1>>nazwa_fas_sek6;
    plik1>>dlugosc_fas6;
    cout<<nazwa_fas_sek6<<" "<<dlugosc_fas6<<endl;
    char* zawartosc_sekwencji6= new char[dlugosc_fas6];
    int* wierzytelnosc_nukleotydu6=new int[dlugosc_fas6];
    for(int i=0;i<=dlugosc_fas6-1;i++)
    {
        plik1>>zawartosc_sekwencji6[i];
        plik2>>wierzytelnosc_nukleotydu6[i];
        cout<<zawartosc_sekwencji6[i]<<"->";
        cout<<wierzytelnosc_nukleotydu6[i]<<" ";

    }
    cout<<endl;
    //////////////////////////wczytywanie sekwencji 7////////////////////
    plik1>>nazwa_fas_sek7;
    plik1>>dlugosc_fas7;
    cout<<nazwa_fas_sek7<<" "<<dlugosc_fas7<<endl;
    char* zawartosc_sekwencji7= new char[dlugosc_fas7];
    int* wierzytelnosc_nukleotydu7=new int[dlugosc_fas7];
    for(int i=0;i<=dlugosc_fas7-1;i++)
    {
        plik1>>zawartosc_sekwencji7[i];
        cout<<zawartosc_sekwencji7[i]<<"->";
        plik2>>wierzytelnosc_nukleotydu7[i];
        cout<<wierzytelnosc_nukleotydu7[i]<<" ";

    }

    cout<<endl;
    /////////////////////////////////koniec wczytywania////////////////////////////
int okno, wierzytelnosc;
cout<<"Podaj wierzytelnosc minimalna nukleotydow: ";
cin>> wierzytelnosc;
while(wierzytelnosc>0)
{

cout<<nazwa_fas_sek1<<endl;
    for(int i=0; i<=dlugosc_fas1-1;i++)
    {

        if(wierzytelnosc_nukleotydu1[i]<wierzytelnosc)
        {
            zawartosc_sekwencji1[i]='X';
        }
        cout<<zawartosc_sekwencji1[i]<<wierzytelnosc_nukleotydu1[i]<<" ";
    }
    cout<<endl;
    //////////////////////////////////////
    cout<<nazwa_fas_sek2<<endl;
    for(int i=0; i<=dlugosc_fas2-1;i++)
    {

        if(wierzytelnosc_nukleotydu2[i]<wierzytelnosc)
        {
            zawartosc_sekwencji2[i]='X';
        }
        cout<<zawartosc_sekwencji2[i]<<wierzytelnosc_nukleotydu2[i]<<" ";
    }
    cout<<endl;
    ///////////////////////////////////////////
    cout<<nazwa_fas_sek3<<endl;
    for(int i=0; i<=dlugosc_fas3-1;i++)
    {

        if(wierzytelnosc_nukleotydu3[i]<wierzytelnosc)
        {
            zawartosc_sekwencji3[i]='X';
        }
        cout<<zawartosc_sekwencji3[i]<<wierzytelnosc_nukleotydu3[i]<<" ";
    }
    cout<<endl;
    ////////////////////////////////////
    cout<<nazwa_fas_sek4<<endl;
    for(int i=0; i<=dlugosc_fas4-1;i++)
    {

        if(wierzytelnosc_nukleotydu4[i]<wierzytelnosc)
        {
            zawartosc_sekwencji4[i]='X';
        }
        cout<<zawartosc_sekwencji4[i]<<wierzytelnosc_nukleotydu4[i]<<" ";
    }
    cout<<endl;
    cout<<nazwa_fas_sek5<<endl;
    //////////////////////////////////////
    for(int i=0; i<=dlugosc_fas5-1;i++)
    {

        if(wierzytelnosc_nukleotydu5[i]<wierzytelnosc)
        {
            zawartosc_sekwencji5[i]='X';
        }
        cout<<zawartosc_sekwencji5[i]<<wierzytelnosc_nukleotydu5[i]<<" ";
    }
    cout<<endl;
    cout<<nazwa_fas_sek6<<endl;
    ////////////////////////////////////////
    for(int i=0; i<=dlugosc_fas1-1;i++)
    {

        if(wierzytelnosc_nukleotydu6[i]<wierzytelnosc)
        {
            zawartosc_sekwencji6[i]='X';
        }
        cout<<zawartosc_sekwencji6[i]<<wierzytelnosc_nukleotydu6[i]<<" ";
    }
    cout<<endl;
    /////////////////////////////////
    cout<<nazwa_fas_sek7<<endl;
    for(int i=0; i<=dlugosc_fas7-1;i++)
    {

        if(wierzytelnosc_nukleotydu7[i]<wierzytelnosc)
        {
            zawartosc_sekwencji7[i]='X';
        }
        cout<<zawartosc_sekwencji7[i]<<wierzytelnosc_nukleotydu7[i]<<" ";
    }
    break;
}


}