#!/bin/bash
        startgro=start.gro
        tmpstartgro=tmpstart.gro
        outgro=out.gro

        natoms=$(sed -n '2p' $startgro)
        nlines_per_frame=$((natoms+3))


        nlines=`wc -l $startgro| cut -d' ' -f1`
        nframes=$((nlines/nlines_per_frame))

        rm -rf $outgro

        for idx in `seq 1 $nframes`; do

            start=$(($nlines_per_frame*(idx-1)+1))
            end=$(($nlines_per_frame*idx))
            sed "$start"','"$end"'!d' $startgro > $tmpstartgro

            # gromacs preprocessing & MD
            gmx grompp   -f grompp.mdp -c $tmpstartgro -p topol.top -o topol.tpr
            gmx mdrun  -s topol.tpr -o traj.trr -e ener.edr
            #gmx mdrun -nt 1 -s topol.tpr -o traj.trr -e ener.edr

            # store data
            cat confout.gro >> $outgro

        done
        rm -f $tmpstartgro