public class SomeClassFromDomainLayer
{
    //some code
    #region private properties
    private IContext Context
    {
        get
        {
            if(_context==null)
            {
                _context = AppEnvironment.Kernel.Get<IContext>();
            }
            return _context;
        }
    }
    #endregion
    //some code
}

public class ContextNinjectModule : NinjectModule
{
    public override void Load()
    {
        this.Bind<IContext>().To<RealContext>();
    }
}

public class TestContextNinjectModule : NinjectModule
{
    public override void Load()
    {
        // делегат в ToMethod принимает параметр типа IContext -- это тип NInject'а,
        // не путайте с вашим собственным интерфейсом!
        this.Bind<IContext>().ToMethod(c => Substitute.For<IContext>());
    }
}

public void SomeTest
{
    var context = module.Get<IContext>();
    context.SomeMethod().Returns(42);

    var classUnderTest = new ClassUnderTest(context);
    classUnderTest.Foo();

    context.Received().SomeMethod();
}