2.
#!/usr/bin
file = open("seq.txt")
seq = file.readline().strip()
dic = {"A":"T" , "T":"A" , "G":"C" , "C":"G"}
lista = []
for n in seq:
 n=dic[n]
 lista.append(n)
print "".join(lista)

3. zliczanie wystapien
#!/usr/bin
file = open("seq.txt")
seq = file.readline().strip()
#dic = {"A":"T" , "T":"A" , "G":"C" , "C":"G"}
lista = []
liczA=0
liczT=0
liczG=0
liczC=0
hexamer = []
for n in seq:
  se = seq[
  if n=='A':
    liczA = liczA+1
  if n=='T':
    liczT = liczT+1
  if n=='G':
    liczG = liczG+1
  if n=='C':
    liczC = liczC+1
#print "".join(lista)
print "Tyle jest A:"
print liczA
print "Tyle jest T:"
print liczT
print "Tyle jest C:"
print liczC
print "Tyle jest G:"
print liczG

4. hexamery
#!/usr/bin
file = open("seq.txt")
seq = file.readline().strip()
lista = []
dl = len(seq)
dic = {}
for n in range(0, (dl-5)):
  a=seq[n:n+6]
  if a not in dic:
    dic[a]=0
  dic[a]+=1
print dic

5.tlumaczenie na bialka
#!/usr/bin
file = open("seq.txt")
seq = file.readline().strip()
lista = []
dl = len(seq)
dic = {}
f =  open("ramki.txt",'r')
line1 = f.readlines()
for line in line1:
        string=line[0:3]
        klucz=line[4]
        dic[string]=klucz

lizda = []
print "ramka odczytu od 0"
for n in range(0, dl,3):
  a=seq[n:n+3]
  if a in dic:
    lizda.append(dic[a])
print lizda
lizda = []

print "ramka odczytu od 1"
for n in range(1, dl-1,3):
  a=seq[n:n+3]
  if a in dic:
    lizda.append(dic[a])
print lizda
lizda = []

print "ramka odczytu od 2"
for n in range(2, dl-2,3):
  a=seq[n:n+3]
  if a in dic:
    lizda.append(dic[a])
print lizda
lizda = []

print "ramka odczytu od N"
for n in range(dl, 0,-3):
  a=seq[n:n+3]
  if a in dic:
    lizda.append(dic[a])
print lizda
lizda = []

print "ramka odczytu od N-1"
for n in range(dl-1, 0,-3):
  a=seq[n:n+3]
  if a in dic:
    lizda.append(dic[a])
print lizda
lizda = []

print "ramka odczytu od N-2"
for n in range(dl-2, 2,-3):
  a=seq[n:n+3]
  if a in dic:
    lizda.append(dic[a])
print lizda
lizda = []

6.generowanie
#!/usr/bin
import random

dlugosc = raw_input('Podaj dlugosc sekwencji :')
dlugosc=float(dlugosc)
prawdC = dlugosc * 0.25
prawdC=int(prawdC)
prawdT = dlugosc * 0.25
prawdT = int(prawdT)
prawdG = dlugosc * 0.25
prawdG=int(prawdG)
prawdA = dlugosc * 0.25
prawdA=int(prawdA)

literki = ["A", "T", "C", "G"]
sekwencja = []

for i in range(0, prawdC-1):
    sekwencja.append(literki[0])
for i in range(0, prawdT-1):
    sekwencja.append(literki[1])
for i in range(0, prawdG-1):
    sekwencja.append(literki[2])
for i in range(0, prawdA-1):
    sekwencja.append(literki[3])

from random import shuffle
shuffle(sekwencja)

print sekwencja