両バージョンの間に大きな違いはありません。
画像・ムービーは高品質になり、エンカウントシステムが変更になっています。
シルバースターでは、ヒロインの声優が変わって違和感がありました。
エターナルブルーはほぼ同じなので、画像が良くプレイしやすいPSバージョンの方が好みです。