O MobiPocket Creator (na versão Publisher Edition) pode ser baixado aqui:
http://www.mobipocket.com/en/downloadSoft/ProductDetailsCreator.asp

A conversão é fácil, com o programa aberto basta clicar em ADOBE PDF (em IMPORT FROM EXISTING FILE), selecionar o PDF, o idioma, depois clicar em IMPORT, ir em METADATA e preencher título e nome de autor (e outros dados se quiser), e daí em diante você clica em BUILD (e depois BUILD de novo). Quando acabar, clique em OK para OPEN FOLDER CONTAINING EBOOK.

Lá na pasta, copie o arquivo de extensão .prc (só ele, o resto pode apagar) pra pasta DOCUMENTS do Kindle quando ele estiver conectado ao seu computador pelo USB. Apenas isso.

OBS: Se você achar uma versão MOBI do ebook na internet (um exemplo de site com ebooks é o libgen.org) não precisa converter o PDF.

Alguns ebooks não ficam 100% mesmo convertidos de PDF pra PCR, devido ao método que foram criados. O ideal é fazer isso somente com aqueles contendo texto. Ebooks com ilustrações são melhor visualizados no iPAD. O Kindle Paperwhite, vendido em sites como PONTOFRIO, é bem melhor que o antigo, por ser touchscreen.